蛋白Marker即蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質(zhì)的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質(zhì)條帶的大小。

在Western Blot過程中，分子量Marker就像個螺絲釘一樣雖然是其中小小的一環(huán)，然而就是這樣一個小細節(jié)對實驗結(jié)果有著不可忽視的作用。Marker的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應的分子量大小，只有標準量精確無誤了，實驗結(jié)果才有說服力，除此之外，蛋白Marker還有顯示轉(zhuǎn)膜是否成功、以及蛋白在凝膠上的電泳程度等作用，因此選擇正確的蛋白Marker也是Western Blot實驗成功的必要條件之一。我們整理了一些在實驗中蛋白Marker的常見問題，快來學習吧！

一、marker一定要都跑出來嗎？

比如說說明書上市7條帶，其實跑出6條帶是正常的,可能是跑的時間不夠,如果你的蛋白不是很小的話,可以等溴酚藍前沿剛跑出膠的時候再關電泳儀,這樣應該可以有7條帶.有的時候還會跑出5條,不過只要在你的目的蛋白的上下兩個帶都跑出來了就可以了,不一定非要7條。

二、marker變成笑臉狀怎么辦？

第一，膠沒有壓片

第二，膠在板的邊緣與中心的膠的流動性可能不同，這個沒有辦法，跟黏度和表面張力有關。如果各種方法都不能解決上面的現(xiàn)象，個人建議maker換一條道上樣，選一條靠近中間的泳道跑一跑。

邊緣效應，在邊緣兩個泳道的樣品會這樣的?？梢栽囋囯娪舅俣嚷c兒......

要么配膠時沒壓好，膠沒配好，要么電泳時電壓太大，電滲力強，要么玻板電泳時沒夾好，內(nèi)電泳液是漏的，請逐一排查。

三、marker條帶變寬怎么解決？

原因一：上樣量過多，應該減少上樣量。

對策：加樣體積根據(jù)樣品濃度和凝膠厚度靈活掌握。一般上樣體積為10-15μL（即2-10μg蛋白質(zhì)）。如果樣品很稀上樣量可以達到100μL。
原因二：樣品溶解不wan全。
對策：

(1)樣品應該充分溶解：保持各種蛋白質(zhì)樣品和Marker在上樣前能夠充分溶解，上樣前最好離心一下，實在溶解不掉的顆粒就去掉。
(2)可以根據(jù)分子量標準的蛋白質(zhì)試劑盒的要求加入樣品溶解液；如果是自行配置標準和未知樣品，按照0.5-1.0mg/L樣品溶解液。溶解后，將其轉(zhuǎn)移至Ep管，蓋上蓋子（可以在蓋子處加上卡子）后在110度沸水中水浴加熱3分鐘（可以在薄泡沫塑料板上鉆出幾個與Ep管直徑形同的圓洞，Ep管放下去直到蓋子邊緣約束不能再往下為止，把薄泡沫塑料板的暴露出Ep管的管體大部分的那一面放入沸水浴鍋中，薄泡沫塑料板自然飄在沸水表面，便于取用和加熱，也可避免沸水濺起。

可以一批對于多個Ep管進行不同時間的沸水浴。不要把Ep管扔進沸水浴鍋中，蓋子可能會被沖開），而后在室溫下冷卻待用。如果較長時間不用，則將樣品放入零下20度冰箱中儲存，需用時在取出后使用前在110度沸水中加熱3分鐘室溫冷卻后再上樣，以去掉樣品蛋白質(zhì)中的亞穩(wěn)態(tài)聚合體。
(3)改變樣品緩沖溶液使得樣品能夠充分溶解，SDS 用量要充分。
原因：SDS電泳帶與鄰近蛋白質(zhì)電泳相連。除了上樣量過多和樣品溶解不wan全外，凝膠的加樣孔泄露會使得電泳帶變寬。加樣孔泄露往往由于凝膠與玻璃板之間產(chǎn)生裂紋引起。對策：此時只能重新制備凝膠，梳子拔起時要小心等凝膠凝聚完畢，速度不宜過快，拔起的方向要垂直于凝膠表面；要避免凝膠兩側(cè)的玻璃板與凝膠之間產(chǎn)生裂紋，在凝膠制備過程中不要擠壓凝膠兩側(cè)的玻璃板。

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